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新余市中等专业学校的毕业证书与普通高中毕业证书的效力并不完全相同。虽然中专教育也是中等教育的一部分，但中专教育更侧重于职业技能培训，而普通高中则更注重基础学科的学习。因此，中专毕业证书在职业领域的认可度可能更高，而普通高中毕业证书则为学生提供了更广泛的升学路径。具体效力还需根据社会需求和个人发展目标来判断。