赣州市军科职业技术学校毕业证书与普通高中证书效力不同。普通高中毕业证是升入大学的常见凭证，主要侧重文化基础学科学习经历认证。而该校属职业技术学校，其毕业证更多体现职业技能学习成果，在升学途径上主要面向职业院校单招等，在就业方面则用于相关技能岗位求职，与普高毕业证在功能和认可范围上有明显区别。